In Unix e Linux tutte le applicazioni grafiche utilizzano il "X Window System" come software di base tra l'hardware e l'interfaccia utente (GUI). Il gestore di finestre è il software che controlla le finestre sullo schermo in un ambiente X Window. Il posizionamento, i bordi e le decorazioni di qualunque finestre sono gestiti dal gestore di finestre. GNOME interagisce con questo per visualizzare sullo schermo le finestre delle applicazioni. GNOME non dipende da nessun gestore di finestre particolare. Se decidete di cambiarlo GNOME manterrà una interfaccia coerente alle vostre applicazioni. GNOME lavora con il gestore di finestre per ottenere le informazioni sulle finestre presenti sullo schermo. Ad ogni modo, per poter utilizzare alcune peculiarità di GNOME è richiesto un window manager compatibile. Tra queste l'applet Desk Guide così come il drag and drop tra i desktop. Per i nuovi utenti raccomandiamo l'utilizzo di un gestore di finestre compatibile con GNOME. Ecco la lista dei gestori finestre che hanno compatibilità parziale o completa quando questa guida è stata scritta: Sawfish (chiamato precedentemente Sawmill) IceWM WindowMaker Enlightenment AfterStep FVWM2 Ci sono molti altri gestori di finestre che stanno includendo il supporto per GNOME. Potete reperirlo nella GNOME Software Map. In qualunque momento è possibile cambiare il gestore di finestre utilizzato selezionandolo dalla capplet Window Manager del GNOME Control Center. Maggiori informazioni sono disponibili in . Tenete bene a mente che se scegliete di utilizzare un gestore di finestre che non è compatibile con GNOME non potrete trarre i benefici di alcune caratteristiche offerte da GNOME.